Na de epische strijd tussen Godzilla en de MUTO’s die San Francisco verwoestte en de schokkende onthulling dat monsters echt bestaan, ontdekken twee broers en zussen, die in de voetsporen van hun vader treden, de connectie van hun familie met de geheime organisatie Monarch. Aanwijzingen leiden hen naar de wereld van monsters en uiteindelijk naar legerofficier Lee Shaw, die zich afspeelt in de jaren ’50 en een halve eeuw later, waar Monarch wordt bedreigd door wat Shaw weet. Het dramatische verhaal, dat zich uitstrekt over drie generaties, onthult begraven geheimen en hoe epische, wereldschokkende gebeurtenissen doorwerken in ons leven.